Khi bắt đầu cuộc chiến tranh, lực lượng của A Tốc Cát Bát đã xuyên phá Vạn Lý Trường Thành ở một số điểm và xâm nhập đến tận vùng ngoại ô của Khanbaliq. Yên Thiếp Mộc Nhi, tuy nhiên, đã nhanh chóng thay đổi tình thế. Những người theo phe phục hồi từ Mãn Châu và miền đông Mông Cổ đã phát động một cuộc tấn công bất ngờ vào những phe trung thành. Quân đội của họ dưới sự chỉ huy của Bukha Temur và Mitchug Temur, hậu duệ của anh em Thành Cát Tư Hãn, đã bao vây Thượng Đô vào ngày 14 tháng 11 năm 1328, tại thời điểm hầu hết những người theo phe trung thành còn đang tham gia vào mặt trận Vạn Lý Trường Thành.[5] Những người thuộc phe trung thành ở Thượng Đô đã đầu hàng vào ngày hôm sau, và Đảo Thích Sa và hầu hết những thành viên phe trung thành hàng đầu đã bị bắt làm tù binh và sau đó bị xử tử. A Tốc Cát Bát đã được báo cáo là mất tích.[6] Với sự đầu hàng của phe Thượng Đô, con đường khôi phục lại phả hệ của Nguyên Vũ Tông đã trở nên rõ ràng.

Tuy nhiên, tàn dư của phe trung thành ở những nơi khác tiếp tục chiến đấu lâu hơn nữa. Thật vậy, lực lượng phe trung thành ở Sơn Tây đã không đầu hàng cho đến tháng 12 năm 1328 và các đối tác của họ ở Tứ Xuyên đã đầu hàng chỉ trong tháng tiếp theo.[7] Vào đầu năm 1330, có một cuộc nổi loạn ở Vân Nam, nơi hoàng tử Tugel tuyên bố li khai triều đình và ủng hộ phe trung thành. Quân triều đình đã được gửi để đàn áp ông ta. Với sự hỗ trợ của các bộ lạc thổ dân của tỉnh, như Lolos và các bộ lạc người Miêu khác ở biên giới Vân Nam, Tugel đã kháng cự thành công trước quân đội đế quốc. Quân đội nhà Nguyên dưới sự chỉ huy của Temur Buka đã bị đánh bại, buộc triều đình phải gửi thêm binh lực đến để tiếp viện. Vào thời điểm đó, Hoàng tử Yuntu Temur được lệnh rút 20.000 binh lính khỏi các tỉnh Chiết Giang, Giang Tây và Hà Nam, Giang Bắc, và dẫn quân từ Hồ Quảng tới Vân Nam chi viện cho Temur Buka.[8] Những tàn dư cuối cùng của phe trung thành đã không từ bỏ sự nghiệp của họ cho đến năm 1332.